Si l’utilisation anti-bactérienne des huiles essentielles est reconnue, les controverses portent surtout sur leurs indications thérapeutiques, leur efficacité et sur les méthodes d’administration.

Utilisée dans une approche holistique, l’aromathérapie en partage les controverses.

Par rapport à d’autres médecines naturelles, le fait que ses constituants de base puissent provoquer des troubles graves, pose le problème de la formation des prescripteurs.